Prohlídkové trasy zámku Kratochvíle jsou zaměřeny na prezentaci cenné výzdoby renesančních interiérů z doby dokončení výstavby celého zámeckého areálu. Velká pozornost je věnována renesanční architektuře, manýristické malířské výzdobě areálu a figurální štukové výzdobě. Hlavním tématem trasy je prezentace zařízení interiérů odpovídající době působení posledních Rožmberků - Viléma z Rožmberka a Petra Voka - tedy konce 16. a začátku 17. století.

Trasa začíná v kapli Narození Panny Marie. Zde jsou návštěvníci seznámeni s historií místa a okolnostmi vzniku areálu. Poprvé jsou také konfrontováni s charakterem štukové a malířské výzdoby. Klenba kaple je bohatě zdobená. V dekorativních štukových rámech je malován výpravný pašijový cyklus, jehož autorem je malíř německého původu Georg Widman. Při výzdobě vycházel z grafických listů Albrechta Dürera a kreseb Martena de Vos v grafickém přepisu Antonia Wiericxe.

Trasa dále vede manýristickou renesanční zahradou se záhony bylin a zemědělských plodin, komponovaných do geometrických obrazů. Celkový dojem podtrhuje  vodní příkop, obklopující vilu se zahradním parterem. Ohradní zdi vyzdobil rovněž Georg Widman postavami lovců a malovanou architekturou.

Prohlídka hlavního obytného stavení - vily - začíná ve vstupním sále, jehož klenba i stěny jsou zdobeny malovanými výjevy z lovů podle dobových knižních ilustrací. Malířská výzdoba sálu se v současné době restauruje. Je jistě zajímavé nahlédnout do procesu probíhajících restaurátorských prací.

V letošní návštěvní sezóně můžeme porvé obdivovat nově otevřený pokoj přízemí vily, který byl užíván synovcem posledních rožmberských vladařů Janem Zrinským ze Serynu. Instalace interiéru připomíná záliby i životní mezníky samotného Jana Zrinského i jeho otce Mikuláše.

Po výstupu po vřetenovém schodišti se návštěvníkům otevírají nově rekonstruované interiéry patra vily. Pokoje na východní straně jsou věnovány osobě posledního zástupce rodu Rožmberků Petru Vokovi. Instalace se vrací k původnímu využití místností. Postupně procházíme pracovnou Petra Voka, pánskou ložnicí a předpokojem k Hornímu sálu. V těchto místnostech se opět setkáváme s mistrovskou prací štukatéra Antonia Melany. Přesto, že je zde zachován štukový reliéf pouze v bílé barvě, představuje velice cennou ukázku štukatérského umění a svou hodnotou se řadí mezi nejskvělejší ukázky prací tohoto druhu. Klenba ložnice je vyzdobena štukovými medailony se symboly ročních dob. Předpokoj vyzdobil Melana příběhy z římských dějin podle grafických předloh J. Ammana. Ve cviklech a lunetách jsou zde zobrazeny teologické i kardinální ctnosti. Instalace pokojů vychází z dobových inventářů a věrně ilustruje původní vybavení.

Velký horní sál s vlašským krbem byl plně zpřístupněn veřejnosti 15. června 2009. Jde o mimořádný prostor, který vždy sloužil především ke společenským setkáním. Tuto funkci si sál zachovává dodnes. Zde jsou pořádány nejvýznamnější kulturní akce návštěvní sezóny. Protiváhu vlašského krbu tvoří veduta Kratochvíle namalovaná v 2. polovině 17. století eggenberským malířem Jindřichem de Verle. Interiér je doplněn portréty posledních Rožmberků, Anny Marie Bádenské a Polyxeny z Pernštejna.

S Velkým horním sálem sousedí tzv. Zlatý pokoj. Jde o intimní prostor užívaný majitelem zámku Vilémem z Rožmberka. K velmi pestré malířské výzdobě se zde přidává i náročná ornamentální štuková výzdoba italského štukatéra Antonia Melany. Malíř Georg Widman zde vytvořil středový obraz klenby znázorňující postavy legendy o Samsonovi a Dalile. Stěny u okna zdobí ženské postavy - bohyně Junó, Pallas Athéné a loutnistka v zelených renesančních šatech.

Nejokázalejší místností zámku je velký přijímací sál nazývaný Zlatý sál. Jde o skutečný vrchol renesančního štukatérského umění. Návštěvník měl být okamžitě při vstupu ohromen bohatstvím, uměnímilovností a vkusem majitele - renesančního velmože. Malířská výzdoba je zde omezena jen na malovanou tapetu brokátového vzoru, na výzdobu dveřních špalet a okenních výklenků. Hlavní důraz je položen na výzdobu klenby. V monumentálním díle štukatéra Antonia Melany zde postupně procházíme nejvýznamnějšími scénami z historie Říma. Sál v minulých letech prošel velmi náročným restaurováním - štukové scény byly konzervovány, doplněny podle původních předloh a podle nálezů znovu vyzlaceny. Ohromující je rovněž keramická dlažba, která byla rekonstruována podle dochovaných originálních dlaždic s dvoubarevným brokátovým vzorem, který dokonale doplňuje vzor malované tapety. Sál je zařízen jako hodovní. Při instalaci se rovněž vycházelo z dochovaných inventářů ze začátku 17. století při použití ikonografie.

Poslední místností patra je tzv. Vladařův pokoj. Malířská i štuková výzdoba naznačuje osobní - soukromý způsob využívání. Je nainstalován jako pracovna Viléma z Rožmberka. Při výzdobě bylo postupováno formou grotesky, do níž jsou s citem vplétány zvířecí a rostlinné motivy. V lunetách bývaly také figurální malby. V levém rohu nad oknem nalézáme postavu Neptuna s ledňáčkem na hlavě. Také výzdoba této místnosti byla v uplynulých letech náročně restaurována.

Prohlídka zámku pokračujeí na západní straně přízemí v tzv. Dvořanské světnici. Je velkoryse malířsky zdobená postavami lovců, cizokrajných zvířat i ilustracemi legendy o Kyparissovi z Ovidiových Proměn. V nikách jsou zobrazeni bohové římské mytologie Autumnus a Vertumnus. Prostoru vévodí norimberský lustr nad stolem, který je společným dílem řezbáře Jiřího Kobra, Jana Staňka a Ivana Housky.

Zdá se, že druhým vrcholem prohlídkové trasy zámku je po Zlatém sále bohatě vybavená Přípravna jídel. zde se jídla nevařila, ale při hostinách se pouze upravovala, doplňovala nebo přihřívala. Zde se také nacházely pohotovostní zásoby vína, piva i vody. Ve skříních je uloženo nádobí, ubrusy a servíty. Nezbytnou součástí přípravny byla také "lavaba" k mytí nádobí. Ve vybavení přípravny nechybí petré ukázky položek jídel, která se podávala na rožmberském stole.

Poslední místností na prohlídkové trase je Lázeň. Instalace této místnosti vychází z dobových renesančních ilustrací. Představuje hygienu v aristokratickém prostředí a informuje také o dobových lazebnických praktikách.